Voluto dal Granduca Ferdinando I dei Medici sul finire del XVI secolo, il Museo di Storia Naturale e del Territorio dell'Università di Pisa (nell'attuale denominazione) conserva le collezioni i reperti naturalistici formatesi nell'ambito della ricerca zoologica, paleontologica e mineralogica dell'Ateneo pisano dal 1591 ad oggi.

Il Museo, che oggi ha sede presso il prestigioso complesso della Certosa Monumentale di Pisa a Calci, offre percorsi di visita diversificati ed espone collezioni uniche in Italia per importanza storica e valore scientifico, quali ad esempio quella osteologica dei Cetacei (nella foto una panoramica) e quella malacologica di Nicolò Gualtieri, risalente al '700.

L'intero patrimonio museale conta circa 500.000 pezzi. Nei settori espositivi aperti al pubblico, ospitati nei locali minori e di servizio della Certosa ma comunque di notevole interesse storico ed architettonico, centinaia di esemplari zoologici, minerali e fossili sono esposti su circa 4.000 metri quadrati di sale e gallerie.

Attualmente sono visitabili la nuova sala dei minerali, la galleria storica, la galleria dei rettili e degli anfibi, le sale dedicate ai mammiferi (carnivori, marsupiali, monotremi, artiodattili, perissodattili, roditori, insettivori, chirotteri, primati e cetacei), le tre nuove sale multimediali "Ritorno al passato" dedicate a tre possibili scenari del passato ambientati nel territorio pisano e le esposizioni permanenti "C'era una volta l'Uomo" e "Vertebrati a confronto". Dal maggio 2007 inoltre il Museo si è dotato di una sala tattile "La Natura a portata di mano" dedicata ai visitatori non vedenti.

Di prossima apertura l'esposizione permanente "Dinosauri in Certosa".